浙江東亞藥業是專業從事醫藥原料藥生產的國家高新技術企業， 建有上海右手醫藥研發中心、省級研究院和產學研聯合研究中心，與浙江大學、浙江工業大學、中國藥科大學、上海醫工院等知名科研院所有緊密的產學研交流與合作。
上海右手醫藥科技開發有限公司
上海右手醫藥科技開發有限公司是浙江東亞藥業股份有限公司的全資研發中心，成立于2006年，坐落于中國上海張江高科技技術園國際醫學園區（醫谷現代商務園）。
右手醫藥建立了以博士、碩士為主的科研團隊，擁有約25名藥物研發人員，超過1200平方米的實驗區域及工廠配套的4000多平方米多功能中試車間。作為東亞藥業的研發中心，立足為公司選擇新的項目，決定公司未來的產品結構和發展方向。右手確定項目后進行小試研發、 中試放大直至將完整的工藝移交給工廠；同時做好工廠現有產品的技術支持和改進, 確保公司的產品具有持續的市場競爭力。右手醫藥公司同部分世界前10強的醫藥公司以 CRO、CMO的模式進行合作，并且獲得客戶的好評。
右手醫藥擁有一幢獨立的4層實驗大樓，設有先進的合成實驗室，共有50多個通風櫥，兩個公斤級中試實驗室擁有10座互相連同的整體通風櫥（Walk-in Hood），滿足10L、20L、50L 反應釜和旋蒸使用要求。右手醫藥的分析檢測設備均選用世界一流的儀器，公司每年在大型實驗儀器設備上的投入超過百萬元。
右手醫藥擁有一支高水平和高效率的科研團隊，不但專長于小分子藥物的合成、優化和工藝研發，而且重視產品的質量研究和國內外的注冊申報。公司經過長期的市場調研和分析，選擇應用價值大、市場前景好的項目進行攻關。多年來，針對阿爾茨海默病（老年癡呆癥）、痛風癥、骨質疏松癥、抗抑郁等治療藥物進行研究。利用先進的儀器，進行分析方法的開發和研究，同時進行DMF（FDA）文件的編寫和產品注冊申報工作，為東亞藥業總公司搭建更廣闊的發展平臺。
十多年的發展歷程中，研發中心始終將科技創新開發作為公司核心競爭力建設的關鍵組成部分。多項合成工藝獲得國家發明專利，掌握多項核心技術和生產工藝，截止到2017年全集團已經擁有授權專利23項（含一項世界專利），十余項專利已經進入實質審查。
東亞藥業省級研究院
東亞藥業省級研究院自認定以來，積極開展技術創新，先后承擔多個國家、省、市級科技項目，獲臺州市及省科技進步獎多項，獲發明專利授權6項，獲臺州市級專利示范企業榮譽。
東邦藥業省級研究院
東邦藥業省級研究院構建以“β-內酰胺類抗感染藥物綠色技術”共性關鍵技術研發為重點，以專業實驗室為支撐，以高端研發、檢測設備為核心，企業組建的“β內酰胺類藥物研發團隊”入選臺州市重點企業技術創新團隊。先后承擔多個國家，省、市級科技項目， 獲發明專利多項。
